吴淞江是古代太湖行洪的天然大川，为“太湖三江”的主干，是《太湖流域综合规划》、《太湖流域防洪规划》明确的太湖第三条行洪通道，并已列入国家172项节水供水重大水利工程项目。
一、工程任务和标准
（一）工程任务
1、增加太湖洪水出路、提高流域防洪能力
吴淞江工程满足防御流域不同降雨典型100年一遇洪水要求。
2、增强阳澄淀泖区防洪排涝能力
吴淞江兼具承泄区域洪涝水功能，配合流域和区域其他工程，使阳澄淀泖区防洪标准达到50年一遇。
3、改善生态、水资源、水环境和航运条件
提高向下游地区供水能力，改善下游地区生态、水资源、水环境条件；通过拓浚整治，改善苏申内港线航运条件。
（二）工程标准
1、防洪标准
吴淞江（江苏段）整治工程河道规模按承泄流域不同降雨典型100年一遇洪水东出黄浦江任务及所在阳澄淀泖区50年一遇防洪要求确定，河道堤防及支河口门建筑物在达到区域50年一遇防洪标准的基础上，同时应满足沿线城市防护区的相应设防要求。
2、航运标准
吴淞江自京杭运河至苏沪交界又称苏申内港线，沿线支河涉及航道包括京杭运河、苏申外港线、申张线（青阳港段）、界浦江（港）、青秋浦、昆周线等。根据相关要求，确定航道等级，涉及4条三级航道，3条五级航道，1条六级航道，1条7级航道，15条等外级航道。
二、工程布局及主要建设内容
工程自瓜泾口出太湖，向东经瓜泾港，穿京杭运河，利用吴淞江现有河道拓浚至苏沪交界与上海段河道相接，河道总长61.7km（其中苏沪交界段5.28km）。主要内容包括河道拓浚整治61.7km（包括堤防、护岸、堤顶防汛道路等）；配套扩建瓜泾口枢纽（包括节制闸、船闸）；两岸口门实施有效控制，其中吴淞江北支苏申外港线，为减轻苏申外港线三级航道的影响，对北支苏申外港线敞口处理，拟对其北段（京杭运河~吴淞江段）堤防加固（长17.82km）及两岸支河口门控制代替吴淞江北支苏申外港线口门控制；跨河桥梁工程；对河道整治带来的水系影响进行调整处理等。
三、工程投资
工程估算总投资156亿元，其中征地拆迁补偿费61亿元。